Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms