Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 HLA-DPA2-205ENST00000433582 733 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC023090.1-201ENST00000592906 502 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SMAD9-IT1-201ENST00000437983 504 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PCNA-202ENST00000379160 1359 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC012645.2-201ENST00000566190 553 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 IL1R2-203ENST00000441002 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 HNRNPA1P42-201ENST00000458678 957 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC007718.1-201ENST00000621078 280 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 CYB561D1-207ENST00000527072 892 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
COL6A3P12111 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms