Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MPRIPP1-201ENST00000452433 1089 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CENPBD1P1-203ENST00000479047 569 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FXNP2-201ENST00000411625 547 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms