Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL4A3Q01955 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC010641.1-201ENST00000591757 529 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms