Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
CHMP3Q9Y3E7 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHMP3Q9Y3E7 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms