Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AL161772.1-201ENST00000610494 4412 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CLCNKA-203ENST00000439316 1997 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
KLHL28Q9NXS3 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms