Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC118344.1-201ENST00000378432 1462 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 DDX55-203ENST00000421670 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
TCOF1Q13428 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
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