Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC069224.1-201ENST00000566372 1715 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LIG1P18858 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LIG1P18858 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LIG1P18858 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms