Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
CCDC3Q9BQI4 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms