Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
COL4A3Q01955 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms