Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CUX1P39880 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CUX1P39880 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CUX1P39880 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
CUX1P39880 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CUX1P39880 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms