Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS39Q96JC1 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms