Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
NPHP3Q7Z494 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms