Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
SCN9AQ15858 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
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