Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
BRPF3Q9ULD4 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms