Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
VPS39Q96JC1 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms