Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC3Q9BQI4 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms