Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LIG1P18858 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LIG1P18858 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms