Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms