Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TRIM28Q13263 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
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