Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5X1

SNX9, Sorting nexin-9, humanhuman

Predictions only

Length 595 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX9Q9Y5X1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SNX9Q9Y5X1 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SNX9Q9Y5X1 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SNX9Q9Y5X1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms