Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
DDX56Q9NY93 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
DDX56Q9NY93 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX56Q9NY93 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms