Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SCN3AQ9NY46 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
SCN3AQ9NY46 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms