Protein–RNA interactions for Protein: Q92890

UFD1, Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 307 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UFD1Q92890 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
UFD1Q92890 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
UFD1Q92890 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms