Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP53Q70EK8 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP53Q70EK8 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP53Q70EK8 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms