Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS53Q5VIR6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
VPS53Q5VIR6 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS53Q5VIR6 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms