Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CCDC40Q4G0X9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.75
CCDC40Q4G0X9 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC40Q4G0X9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC40Q4G0X9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC40Q4G0X9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC40Q4G0X9 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms