Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
SCN1BQ07699 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
SCN1BQ07699 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms