Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
COL7A1Q02388 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
COL7A1Q02388 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms