Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms