Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms