Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
NPHP4O75161 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AL451042.2-201ENST00000424774 904 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 LINC01088-201ENST00000437737 973 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC092978.1-201ENST00000474979 1309 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 AC092978.1-202ENST00000637590 1327 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NPHP4O75161 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms