Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC3Q9BQI4 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms