Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HPS3Q969F9 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms