Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC3Q9BQI4 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms