Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
VPS35Q96QK1 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms