Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
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