Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
BRPF3Q9ULD4 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms