Protein–RNA interactions for Protein: Q12948

FOXC1, Forkhead box protein C1, humanhuman

Predictions only

Length 553 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXC1Q12948 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 Metazoa_SRP.172-201ENST00000621807 265 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
FOXC1Q12948 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms