Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 OVCH1-AS1-204ENST00000641955 5529 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS29Q9UBQ0 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms