Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
LIG1P18858 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
LIG1P18858 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIG1P18858 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms