Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP4AQ9BY43 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms