Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ATG4BQ9Y4P1 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms