Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 ASAH1-201ENST00000262097 2618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMA1Q9UHB6 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms