Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms