Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms