Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP4AQ9BY43 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms