Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms