Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms