Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
CHD3Q12873 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.12
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